1、CT诊断
因肝内胆管结石主要是含胆红素钙的色素性结石，钙的含量较高，故在CT照片能清楚地显示出来，CT的诊断符合率为50%-60%。CT还能显示出肝门的位置、胆管扩张及肝脏肥大、萎缩的变化，系统地观察各个层面CT照片，可以了解结石在肝内胆管分布的情况。
2、X线胆道造影
X线胆道造影(包括PTC、ERCP、TCG)是用于肝内胆管结石诊断的经典方法，一般均能作出正确的诊断，PTC、ERCP、TCG的诊断符合率为80%-90%、70%-80%、60%-70%。X线胆道造影应满足诊断和手术的需要，一个良好的胆道造影片应能够全面了解肝内胆管系统的解剖学变异和结石的分布范围
3、经皮经肝穿刺胆道造影(PTC、PTCD)
PTC、PTCD穿刺路径有前路、后路、侧路三种，以侧路成功率高，并发症少，操作方便，造影时影像清晰。对B超诊断肝内胆管结石者，PTC、PTCD有很好的鉴别诊断价值。尤其是B超引导下PTC，成功率较高。对于未做手术，而欲确定肝内胆管结石者，可考虑选用。
辅助检查:
胆道测压:通过胆道测压可以了解胆汁通过胆道排泄是否正常。对于某一分支肝内胆管结石，胆道测压的临床意义不大。但对左右肝管接近肝门部位的结石伴胆管狭窄，可发现胆汁排泄不良，在病变上方引起胆管扩张、胆汁潴留，胆道压力增高。现在已有电子胆道测压仪精确的测量胆管内的压力，应根据病情选择使用。
核素闪耀扫描:常用核素 99m Tc，静脉注入后经网状内皮系统摄取后，排泄入胆道。扫描时可分层、定点，获得三维图像，显示与邻近结构的关系，对诊断提供较好的依据。但对肝内胆管结石的诊断不理想。
选择性腹腔动脉造影:观察动脉血管是否存在移位、受压、中断及异常血管影。对于鉴别诊断肝胆管癌、胆囊癌效果好，但对肝内胆管结石的诊断不理想。而且动脉造影要求一定的设备，操作繁琐，技术条件要求高，不作为肝内胆管结石的首选方法。
