1.组织病理学检查 病变脑组织可见海绵状空泡，淀粉样斑块，神经细胞丢失伴胶质细胞增生，极少白细胞浸润等炎症反应。
2.免疫学检查 多种免疫学方法，如免疫组织化学，免疫印迹，酶联免疫吸附试验(ELISA)等，已用于检测组织中的PrPsc，采用抗PrP27-30抗体，可在经异硫氰酸胍及压热处理或蛋白酶K消化溶解PrPc后的病变组织中检测到PrPsc，单克隆抗体15B3仅能结合PrPsc，因此不需经溶解PrPc的处理即可识别PrPc和PrPsc，取材包括脑，脊髓，扁桃体，脾，淋巴结，视网膜，眼结膜及胸腺等多种组织，应用免疫印迹方法，尚可在脑脊液中检测到一种较具特征性的脑蛋白14-3-3，该蛋白是一种能维持其他蛋白构型稳定的神经元蛋白，正常脑组织中含量丰富但并不出现于脑脊液中，当感染朊毒体时大量脑组织破坏，使脑蛋白14-3-3泄漏于脑脊液中。
3.动物接种试验 将可疑组织匀浆脑内或口服接种于动物(常用鼠，羊等)，观察被接种动物的发病情况，发病后取其脑组织活检是否具朊毒体病的特征性病理改变，此法敏感性受种属间屏障限制，且需时较久。
4.分子生物学检查 从患者外周血白细胞提取DNA，对PRNP进行PCR扩增及序列测定，可发现家族遗传性朊毒体病的PRNP特征性突变。
脑电图，脑地形电图，单光子发射计算机断层成像(SPECT)，CT，磁共振和正电子发射断层成像(PET)等对诊断与鉴别有帮助。
