查体：
腹部触及随呼吸移动的包块是主要体征，包块表面光滑，通常质硬，仅部分呈囊性，有波动感。其位置随囊肿发生的部位而定，但多数位于右上腹。
B型超声：
B 型超声检查诊断肝囊肿具有敏感性高、无创伤、简便易行等优点，<1cm的囊肿也易检出，准确率达98%，而且能确定囊肿的性质、部位、大小、数目及累及肝脏的范围，为本病的首选检查方法。肝囊肿的声像图表现为肝内有圆形或椭圆形液性暗区，囊壁菲薄，边缘整齐光滑，与周围组织境界清楚，囊肿后壁及深部组织回声增强，壁常伴折射声影。
CT扫描
CT检查能准确显示肝囊肿的部位、大小、范围及性质，确诊率达98%。CT片上肝囊肿为境界清楚、密度均匀、圆形或椭圆的低密度区，静脉造影后无增强表现。
核素扫描
核素扫描有助于肝囊肿的定位诊断，显示肝内有边缘整齐光滑的占位性病变，但与肝脓肿、肝癌的扫描结果相似，难以鉴别，临床上已很少使用。
选择性血管造影
肝动脉造影见肝囊肿呈圆形、边缘清晰的无血管区，其周围血管被推移呈弓形。腹腔镜检查腹腔镜检查对表浅的单纯性囊肿的诊断有价值，并可指导穿刺抽液。
X线检查
X线表现可因囊肿的大小、位置而异，可有肝脏增大、膈肌抬高和胃肠受压移位等现象。单发囊肿有时囊壁出现钙化影。
