1.血常规 常可发现中性粒细胞减少。
2.血清学试验 测定已感染病人血清凝集滴度有2/3病人高于1∶160;用放免法和酶联法检测血清中甘露聚糖抗原(念珠菌细胞壁上的多糖);用琼脂凝胶扩散和反向免疫电泳检测念珠菌抗体;在已感染者血清中抗原及其抗体滴度有1/3迅速升高。
3.食管X线钡剂检查对诊断有一定帮助，主要病变在食管的下2/3，可表现为蠕动减弱或弥漫性痉挛，食管黏膜粗乱，不规则或呈颗粒状，宛如钡剂内混有多数微小气泡，晚期病例，黏膜呈结节状，致使钡柱外观如卵石样，颇似静脉曲张，有时可显示深在溃疡，在慢性病例，炎症病变向管壁深部发展，可造成节段性狭窄，甚至酷似食管癌，但食管X线钡剂造影正常并不能排除食管念珠菌病存在。
4.食管镜检查 是确诊该病的惟一方法，镜下食管黏膜呈现水肿，充血，糜烂，溃疡，触之易出血，黏膜表面覆盖白色斑点或假膜，进行活检及细胞刷涂片和培养，若培养阳性尚不足以诊断，因念珠菌是胃肠道一种共生菌，必须涂片见有真菌菌丝，活检组织见有菌丝侵入上皮方可确诊。
鉴于念珠菌性食管炎病人多继发于严重的甚至是致命的原发病，因此及时检查发现，早期作出诊断和进行治疗，对挽救病人生命是必要的。
