①细胞学检查：显微镜下在上皮细胞内找到包涵体;
②沙眼衣原体培养：为诊断沙眼衣原体感染最为敏感和特异的方法;
③沙眼衣原体抗原检测：包括直接免疫荧光法和酶联免疫吸附试验;
④沙眼衣原体核酸检测：PCR技术敏感性高，细胞培养阴性时亦能检出衣原体DNA，但应防止污染而致的假阳性。
⑤血清抗体检测：衣原体IgG、IgM。
