常见并发症：
1.感染
PNH患者容易遭受各种感染，特别是呼吸道和泌尿道感染，感染又可诱发血红蛋白尿发作，在我国，严重的感染往往是PNH患者死亡的主要原因。
2.血栓形成
不同部位的血栓形成在欧美的PNH病例中占23%～50%，是这些地区PNH患者的主要死亡原因，而在我国血栓形成合并症远比欧美为少，我国，泰国，日本的报道都不超过10%，国内病例的特点是血栓发生在单一部位者多，多发者少，浅部位血管多，累及重要脏器者少，下肢静脉栓塞最多，其次为脑血栓形成，极个别有门静脉或肠系膜血栓形成，而据Hillmen(1995)分析的80例患者中39%曾发生静脉栓塞;在41处静脉栓塞中，肝静脉，肠系膜静脉，大脑静脉最多见,肺栓塞也相当多见，另外也有下腔静脉，脾，肾静脉栓塞，1/4在肢体深静脉或浅静脉，此外有6例为心肌梗死，2例为脑梗死，总体看是静脉栓塞比动脉多，累及脏器的严重栓塞多。
3.胆石症
PNH作为长期溶血病合并胆石症者并不像想像的那么多，据国内报道不过4%，可能由于无症状，实际病例会更多些。
4.肾功能衰竭
PNH患者肾内有含铁血黄素沉着，但临床上发生肾功能损伤者并不多见，小部分病例有轻度蛋白尿和(或)血中尿素氮增高，有人认为若长期仔细观察可发现本病患者的肾功能逐渐减低，感染或严重的溶血可引起急性肾功能衰竭，但经处理往往可以恢复，近年用磁共振影像分析发现，大多数PNH患者的肾皮质信号强度减弱，提示有含铁血黄素沉着，为长期血管内溶血的结果，自身免疫溶血性贫血的患者则无。
5.其他
长期贫血可发生贫血性心脏病，严重者可致心力衰竭，个别患者有致死的严重出血如脑出血，消化道出血，此外，因长期应用肾上腺皮质激素发生继发性糖尿病者也不少见。
转化：在PNH患者中约有20%与再生障碍性贫血(再障)相互转化，绝大部分为再障过程中或痊愈后经过一段时间转为PNH，近年报道不少再障患者经抗淋巴细胞(或胸腺细胞)球蛋白(ALG，ATG)治疗或其他免疫治疗好转后，有10%～31%转为PNH，最近用检测血细胞表面GPI连接蛋白的方法发现大约有30%再障患者的外周血或骨髓细胞中可查到具有PNH特征的细胞，提示再障患者本来就有转变为PNH的可能性，能否转化取决于残存的正常造血细胞的多少和PNH克隆能否取得生长或生存优势，很少一部分(约5%)PNH患者经过一段时间转为再障，另有些患者同时具有PNH和再障两者的特点，以上这些情况统称PNH再障综合征，在国内不同地区共479例PNH中有79例(16.5%)属此，总的说来，再障转为PNH的多，PNH转为再障的少，兼有两者特点者也不是很少，另外，个别PNH患者可转为白血病，其中以急性髓细胞白血病为主。
