急性动脉栓塞的并发症，多发生在严重缺血的肢体做动脉重建(包括取栓和旁路术)后，主要是缺血再灌注损伤，患肢出现明显肿胀，并可能伴有骨筋膜室综合征表现，并发症的全身表现包括代谢性酸中毒，高血钾症，心肺功能不全，急性肾功能衰竭等急性肢体动脉栓塞，都是常见的血管外科急诊，如未及时处理，常导致坏疽或肢体残疾，全身中毒及重要器官的功能衰竭，甚至造成生命危险。
对于应用球囊导管取栓法治疗的病人，还可以引起下列的并发症：
①损伤了动脉内膜甚至穿破动脉，因此手术时动作应轻巧，不施过分牵引，随时调整囊内压力，不至于引起动脉破裂。
②可引起动脉继发血栓形成，尤其是在动脉硬化病例，当部分动脉内膜被摘出时，内膜远侧断面常被血流翻转而引起血管狭窄，阻塞或血栓形成，因而取栓时球囊不宜过大，用力不应过猛。
③由于取栓时，均由导管穿过栓子，血栓后才被牵引而摘出，因而不能用粗或相对粗的导管(与动脉管径比较)，否则不仅取不出栓子，反而其推向远侧动脉，一旦发生此种情况，必须用小号取栓管或加远侧切口取栓。
④操作时导管折断或球囊脱落。
