先天性巨细胞包涵体病患儿病死率高，后遗症较多，尤其有黄疸，血小板减少，颅内钙化和肝脾肿大者预后不良，多死于肝硬变，存活者常遗留永久性的神经系统后遗症，如小头畸形，智力低下，发育及运动障碍，耳聋等，但也有一些宫内感染的婴儿能够存活而无明显后遗症，后天获得性巨细胞包涵体病多为自限性，预后较好，但原有严重的慢性消耗性疾病，器官移植，AIDS患儿或长期应用免疫抑制剂者预后不良。
