通常不严重，几乎所有病人不需治疗便可康复，手足口病通常在7-10天内痊愈，并发症不常见，极少病人可并发无菌性或病毒性脑膜炎，其症状是发热，头痛，颈直或背痛，其他常见的并发症有：心肌炎，脑炎或脑膜炎，肺炎，肺水肿，脊髓灰质炎样肢体瘫痪，过敏性紫癜等，多发生于发病后2～5 天，如不及时治疗，可能致命，死亡率极低，仅十万分之一或几万分之一。
