Barrett食管可发生严重的并发症，良性并发症包括反流性食管炎，食管狭窄，溃疡，穿孔，出血和吸入性肺炎等，Barrett食管并发症发病率如表3所示。
常见的并发症有：
1.溃疡：Barrett食管引起溃疡的发病率为2%～54%，食管柱状上皮受酸性消化液腐蚀后可以发生溃疡，出现类似胃溃疡的症状，疼痛可放射至背部，并可引起穿孔，出血，浸润，溃疡愈合后发生狭窄，出现下咽不畅的症状，甚至可穿透主动脉导致大出血而迅速致死，Barrett溃疡的病理分型有两种，最为常见的为发生在鳞状上皮段的浅表性溃疡，这种类型与因反流性食管炎引起的溃疡相似，另一种少见的为发生在柱状上皮段的深大溃疡，与消化性溃疡相似。
2.狭窄：食管狭窄是Barrett食管最常见的并发症，发生率为15%～100%，狭窄部位多于食管中上段的鳞-柱状上皮交界处，而胃食管反流引起的狭窄多位于食管下段，反流性食管炎的发生率为29%～82%，病变可单独累及柱状上皮，也可同时累及鳞状和柱状上皮。
3.恶变：Barrett食管中发生癌肿的发生率不甚确切，长期反流物进入Barrett食管可能起恶变作用，但有研究认为Barrett食管病病人施行了抗反流手术亦不能使这些柱状上皮消退，亦不减少恶变的危险性，Barrett食管的柱状上皮区内可以发生异型增生，程度可自低度到高度，有时低度异型增生不易与正常柱状上皮区别，高度异型增生与原位癌有时难予区别，并可进展至浸润癌，这些恶变的肿瘤系腺癌，需要指出的是内镜发现贲门腺癌伴有良性柱状上皮与柱状上皮异型增生为腺癌是有区别的，Barrett食管的异型增生是癌前期状况已为多数人公认。
