出现脱水，酸中毒，休克和周围循环衰竭，新生儿感染性腹泻常与其他感染并存，或迁延不愈导致营养障碍及其他各种感染，常见的并发症有尿布皮炎，鹅口疮，泌尿道感染，中耳炎，肺炎，败血症，坏死性小肠结肠炎，营养不良，吸收不良，低钾血症，低钙低镁血症，多种维生素缺乏(包括维生素K)，贫血等。
