1.多囊肾主要并发症：
(1)肾结石：本病腰痛一般为钝痛，发生绞痛并伴有肉眼血尿时提示并发肾结石。
(2)其他器官多发性囊肿：中年发现的ADPKD病人，约半数有多囊肝，60岁以后约70%，一般认为其发展较慢，且较多囊肾晚10年左右，其囊肿是由迷路胆管扩张而成，此外，胰腺及卵巢也可并发囊肿，结肠憩室并发率也较高。
(3)脑底动脉环血管瘤：并发此血管瘤者为10%～40%，常因血管瘤破裂，脑出血进一步检查被发现，此外，胸主动脉瘤及心瓣膜病(如瓣膜关闭不全及脱垂)也较常见，在婴儿型多囊肾，可伴有门脉高压和肺泡发育不良。
(4)高血压或反复尿路感染等并发症。
(5)多囊肾晚期，由于有效肾单位不足，逐渐出现慢性肾功不全，甚至尿毒症
2.单囊肾主要并发症主要因囊肿位于肾门处压迫肾动脉，引起血浆肾素增加，可导致高血压;或引起肾盏梗阻继发感染。
3.肾髓质囊性病的并发症：
(1)髓质海绵肾(Medullary Sponge Kidney)其主要并发症是肾结石和肾感染。
(2)幼年性肾痨髓质囊性病除肾病变外，病人或家系成员有色素性视网膜炎，白内障，黄斑变性，近视或眼球震颤等常见并发症。
