1.阿米巴肠穿孔
发生率为1%～4%，阿米巴尸检病人的肠穿孔率为3%～20%，急性穿孔多发生于盲肠，阑尾，升结肠，其次是直肠，乙状结肠交界处，多发生于具有急剧症状的阿米巴痢疾患者，穿孔后发生弥漫性腹膜炎，病情凶险，应及早进行手术治疗。
慢性穿孔由于先形成粘连，穿孔后感染被局限而形成局部脓肿，或穿入附近器官形成内瘘，如直肠膀胱瘘，结肠空肠瘘等。
2.阿米巴阑尾炎及阑尾脓肿
因阿米巴肠病好发于盲肠，故累及阑尾的机会较多，结肠阿米巴病的尸检病例中，发现4.0%～6.2%有阿米巴阑尾炎，有的形成脓肿或穿孔，单纯阿米巴阑尾炎很少见，其症状与细菌性阑尾炎相似，往往在手术中才发现病变不仅限于阑尾，盲肠肠壁表现为增厚，水肿，这种情况下，不但处理阑尾残端困难，术后也很易形成阑尾残端瘘。
慢性阿米巴性阑尾炎较常见，表现为反复发作的右下腹前及右下腹压痛，或右髂窝持久不适感，在伴有化脓菌感染时，可有急性发作。
对怀疑阿米巴阑尾炎的病人，应先给予抗阿米巴药物治疗，然后再行手术，若贸然行手术治疗，可使病变扩散，形成粪瘘甚至死亡。
3.阿米巴肉芽肿
病变多见于盲肠，其次为乙状结肠，降结肠和直肠，5%～10%为多发性，初期可无症状，病情发展后则出现局限性腹痛，腹泻及发热等症状，增生的肉芽肿使肠腔绞窄，可引起肠梗阻，肠套叠，大出血，肠壁穿孔或穿通腹壁形成内，外瘘等，扪诊除局部压痛外，可扪及较硬肿块，X线钡剂灌肠检查可见充盈缺损及肠腔绞窄，肠壁的阿米巴脓肿及肉芽肿突入肠腔，形成锯齿状阴影，乙状结肠镜检查可见黏膜增厚，肿物呈葡萄状突入肠腔，且附近常有散在的肉芽组织和溃疡，自溃疡底部采取标本行活组织检查，阿米巴滋养体检出率较高，阿米巴肉芽肿易误诊为肠道肿瘤，经术后病理检查发现阿米巴原虫方能证实诊断，阿米巴病经药物治疗后，遗有瘢痕性绞窄或内，外瘘，应予手术治疗。
慢性阿米巴肠病可能与结肠癌，直肠癌同时存在，有人认为可能是慢性炎症对肠道刺激所致，炎症性息肉也有利于癌变。
5.消化道出血
阿米巴原虫顺肠长轴向两侧扩展，致肠壁大量组织溶解，病变可深达浆膜层，腐蚀大的血管时，可以引起大量肠出血，病人可表现为排便次数增加，鲜血便，严重者乏力，脉速，血压下降。
