HIV感染除对神经系统的影响外，对全身各器官系统(好发部位依次为肺，肠胃道，眼，皮肤)也有直接作用;其他许多机会性病变，包括局灶性和弥漫性改变和肿瘤也可在AIDS患者中出现。
机会性感染似乎偏好某些特定疾病，如弓形虫病，巨细胞病毒感染，隐球菌病，单纯疱疹和带状疱疹以及不常见类型结核感染，有些病例同时并发梅毒感染。
