常并发脱水，酸中毒，并发吸入性肺炎，肠穿孔时并发腹膜炎，气腹,休克等，并常并发其他先天性畸形：如胆道闭锁，食管闭锁，脐膨出，肛门直肠闭锁，梅克尔憩室，肠重复畸形等其他消化道畸形，多指(趾)，尿道下裂，马蹄肾等泌尿系畸形，及先天性心脏病等心血管畸形，小肠闭锁伴发先天愚型者罕见。
