牙菌斑主要对牙和牙龈构成危害，也就是口腔最常见的两种疾病：龋病和牙周病。
龋病：俗称“虫牙”，这里的“虫”指菌斑中的细菌。牙菌斑牢固地附着在牙面上，细菌摄入唾液中的糖，分解糖产酸，这些酸会破坏牙齿，最终成洞。
牙龈炎：当牙菌斑靠近牙龈时，细菌产生的毒素和其他有害物质会刺激牙龈(俗称“牙肉”、“牙床”)，产生炎症，即牙龈炎。如果不加控制，任其发展，牙龈炎有可能会发展为不可逆的牙周炎，引起牙槽骨的破坏，最终导致牙齿松动、脱落。
其他：幽门螺杆菌(HP)是一种革兰氏染色阴性致病菌，1983年首先由沃伦从慢性活动性胃炎病例的胃黏膜上皮活检标本中分离到，最终确认为胃溃疡、各型胃炎甚至胃癌的重要致病因子。这是20世纪80年代医学研究的一个重要发现，为上述多种胃病变的诊断和防治提供了重要依据。
经流行病学调查显示，HP已被确认是全球最多见的人群感染菌之一，但多数人并无症状，然而长此以往可引起维生素B12吸收障碍，导致B12缺乏和贫血。2001年美国研究人员艾夫库报告，在241位B12缺乏的病人中，有108人被确诊为合并胃HP感染，其中大多数病人为慢性非特异性胃炎，其次为萎缩性胃炎。经进一步检查研究证实，有88人存在含有HP的口腔牙斑。据此艾夫库认为，胃HP感染与牙斑密不可分，若采用无菌刮匙刮下牙斑，并立即进行细菌培训，可获得HP细菌。
现已明确胃HP感染复发的主要原因是病人存在含有HP的牙斑，若不彻底清除牙斑，就无法阻止胃黏膜HP的感染。所以若想治愈胃HP感染，务需清除牙斑。
