脊索瘤发生转移的机率不高,位于骶尾部的脊索瘤发生转移者较多,而颅底与骶椎以上脊柱的肿瘤转移的却很少,一般均在肿瘤发生10年以后才出现转移,局部淋巴结常被累及,随后血运转至肺,肝脏以及腹膜等,枕部含有丰富软骨成份的脊索样脊索瘤,较常见脊索瘤的预后为好。