临床上有四种类型。
一、支气管-肺炎型
曲菌菌丝在支气管粘膜上生长，但不侵入管壁。粘膜炎症轻微，有咳嗽、咳痰(痰可呈棕黄色)、低热等。如侵蚀肺组织，则可引起局限性的曲菌肉芽肿或肺炎、肺脓肿。
二、变态反应性曲菌病
对曲菌过敏者吸入大量孢子后，阻塞小支气管，引起短暂性肺不张，也可引起远端肺部出现反复游走性浸润。患者畏寒、发热、乏力、有刺激性咳嗽，咳棕黄色脓痰，有时带血。痰中有大量嗜酸粒细胞和曲菌丝。烟曲菌培养阳性。患者有显著哮喘，周围血嗜酸粒细胞增多。
三、曲菌球
曲菌寄生在肺部慢性疾病所伴有的空腔内(如肺囊肿、支气管扩张、肺结核空洞中)繁殖、储积，与纤维蛋白和粘膜细胞凝聚形成曲菌球，在X线下可见在原有的慢性空洞内有一团球影，随体位改变而在空腔内移动。曲菌球不侵犯组织，不引起病人全身症状，只 有刺激性咳嗽，有时可反复咯血。由于曲菌球与支气管多不连通，故痰不多，痰中亦常无曲菌发现。
四、继发性肺曲菌病
重病患者(如白血病、淋巴瘤)的终末阶段，以及使用广谱抗生素、免疫抑制药物或各种原因导致机体免疫力低下者 ，肺部所伴曲菌感染是局限性肉芽肿或广泛化脓性肺炎，伴脓肿形成。病灶呈急性凝固性坏死，伴坏死性血管炎、血栓和菌栓，甚至播及胸膜、脑膜、肝、脾等全身脏器，预后很差。
