潜伏期7～10天，除一部分病人有前驱症状如倦怠，食欲缺乏，腹痛，咽痛，头痛外，临床经过分三个阶段。
1.初热期 急性起病，突然出现寒战，高热，伴剧烈头痛，恶心呕吐，眼结膜炎等症状，体温很快升至39℃以上，持续2～3天，稍下降，然后再上升进入极期。
2.极期 主要表现为持续高热(40℃以上)和明显中枢神经系统症状，体征，病人有剧烈头痛，呕吐，肌张力增强，谵妄或嗜睡，很快进入昏迷或惊厥，颈项强直明显，凯尔尼格征阳性，腹壁反射和提睾反射消失，四肢肌肉痉挛，部分病人表现麻痹，部分病人有眼肌麻痹，眼睑下垂，偏视，病重者因严重脑水肿发展成脑疝，引起呼吸不规则，直至呼吸心跳停止，也可因合并肺感染而死亡，死亡多发生在病后2周内，此期一般持续7～8天。
3.恢复期 病程约10天后，体温开始下降，各种症状逐渐改善和恢复，病重者发热持续时间要长一些，通常遗留有语言障碍，嗜睡状，定向力差，对周围事物漠不关心或步态失调等，脑神经和支配四肢肌肉的神经麻痹者，多为永久性损害。
