沙眼衣原体新生儿肺炎主要见于2～12周新生儿及婴儿，大多数无发热，起始症状通常是鼻炎，伴鼻腔黏液性分泌物和鼻塞，随后发展为断续的咳嗽，呼吸急促，可闻及肺部啰音，可伴有心肌炎和胸腔积液，半数患儿可伴有急性包涵体性结膜炎，成人免疫抑制患者可见咽炎，支气管炎和肺炎等呼吸道感染，可有干咳，发热，肌痛，寒战，咯血和胸痛，肺部X线显示为间质浸润，亦可见支气管肺炎或网状，结节样阴影。
