等孢球虫感染可持续数周乃至数年，大多症状轻微，腹泻为其主要症状，大便以黏液便多见，嗜酸性粒细胞常大量存在，但中性粒细胞则罕见，腹泻一天数次，但也有报告每天达二十余次持续3～4天，周期性发作达数月之久，此外，患者常有腹部绞痛，发热，恶心，呕吐，食欲减退，体重下降等，少数患者有小肠吸收不良，特别是脂肪吸收不良，大便中含有粗大的脂肪颗粒，国外“志愿者”实验感染或实验室工作人员意外感染者中，症状以腹部不适，低热，腹泻多见，腹泻始于感染后1周，持续5～10天即可自愈，但大便中卵囊排出可继续10～20天，本病存在无症状带虫者，但由于大便中卵囊常被遗漏，准确的无症状带虫者数量无法确定。
