应用一般治疗剂量的副作用：可有恶心，呕吐，口腔及上腹部烧灼感，头痛，头晕，耳鸣，视力障碍，皮肤瘙痒，紫癜，皮疹等，偶有不自主运动，心室颤动，误用大量发生中毒时，尚可有呼吸和脉搏加快，血压下降，嗜睡，昏迷，惊厥，心律失常，甚至发生阿-斯综合症（此种情况偶亦见于应用一般治疗剂量时），导致心脏骤停，或因呼吸衰竭致死，此外，葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏病儿应用氯喹后可发生溶血而致急性肾功能衰竭。
长期用药可引起视网膜病，出现视觉障碍如视物模糊，复视，畏光，甚至失明，并可发生耳鸣，耳聋等，其他尚有皮疹，皮炎，紫癜，脱毛，色素沉着或毛发变白，白细胞，粒细胞，血小板或全血细胞减少，中毒性精神病；少数病例发生肌无力，眼睑下垂，咀嚼及吞咽困难。
