由于MODS及MOF的发病机制十分复杂，因而临床表现多样，为便于观察，目前将临床上的表现一般可以分为下列四期，但是临床的过程也并非能如此清楚地分开。
1.第一期 ：此期患者临床表现隐匿，外表似乎正常或基础病未加重，但可有气急及呼吸性碱中毒，回心血量轻度增加和肾功能有早期改变，一般第一期患者体格检查时可能正常，然而详细检查发现，他们的血液需求量稍高，肾功能可能异常，所有其他器官的功能也可能异常，一般出现在休克与创伤后，经过复苏，呼吸在25～30次/min以上，出现氧缺乏，这是肺功能不全的早期表现，开始时X片上很少观察到有异常变化，无湿啰音，可有粗糙鼾音，因缺氧而代偿性过度通气产生呼吸性碱中毒，PaCO2下降。
2.第二期 ：患者经过早期复苏之后，循环稳定，肾功能正常，术后12h或更长一些时间，患者进入第二期后，出现病态，轻度病容或基础病加重，血流动力学可为高排低阻型，呼吸急促，缺氧明显，有呼吸性碱中毒，氮质血症，可出现黄疸和血小板数下降，临床上详细观察各种器官系统表明每一系统都有轻度的功能异常，这些异常可较容易检出，出现呼吸窘迫，频率加快，PaO2明显降低，肺底部出现湿啰音，X片显示肺纹理加重，此时虽提高氧的吸入，PaO2仍不能提高到相应的水平。
3.第三期 ：进入第三期后，任何人都可发现患者患病，遗憾的是，上述许多患者的治疗均在此阶段开始，每个器官系统都有明显的临床异常表现，有明显的MOF表现，病情危重，休克，心排血量减少，水肿，严重缺氧和氮质血症，出现代谢性酸中毒和高血糖，血液系统出现凝血异常，呼吸进行性困难，出现青紫，两肺啰音增多，胸片出现两肺弥散性团块阴影到肺实变，虽然给以高浓度O2吸人，但是因肺内分流增加而PaO2仍不能升高，PaCO2开始上升，此阶段患者必须用机械通气。
4.第四期： 第四期患者已处于濒死状态，心脏负荷增加，呼吸不规则甚至暂停，少尿，重度酸中毒，氧耗增加，可出现肝性脑病和昏迷，此期多伴有多器官之衰竭，循环系统衰竭，心律失常，最终死于一个或多个维持生命器官系统的衰竭。
