流脑的病情复杂多变，轻重不一，一般可表现为三个临床类型，即普通型，暴发型和慢性败血症，此外，尚有非典型表现者，潜伏期1～7天，一般为2～3天。
1.普通型
约占全部脑膜炎球菌感染后发病的90%，按本病发展过程，可分为上呼吸道感染期，败血症期和脑膜炎期三个阶段，但临床上难以划分，有时病情终止于败血症期而无脑膜炎发生，而脑膜炎期则同时有败血症存在，即使普通型的病情亦轻重不一。
(1)上呼吸道感染期：大多数患者并不产生任何症状，部分患者有咽喉疼痛，鼻咽部黏膜充血及分泌物增多，此时采取鼻咽拭子作培养可以发现脑膜炎球菌，但即使培养阳性，亦不能肯定上呼吸道症状系由脑膜炎球菌抑或由病毒所引起。
(2)败血症期：患者常无前驱症状，有寒战，高热，头痛，呕吐，全身乏力，肌肉酸痛，食欲缺乏及神志淡漠等毒血症症状，幼儿则有啼哭吵闹，烦躁不安，皮肤感觉过敏及惊厥等，脉搏相应增快，呼吸次数亦轻度增加，结膜可有充血，少数患者有关节痛，此期主要而显著的体征是皮疹，可见于70%左右的患者，皮疹在病后不久即出现，主要为瘀点和瘀斑，见于全身皮肤及黏膜，大小为1～2mm至1cm，在瘀点，瘀斑出现前偶可见到全身性玫瑰色斑丘疹，病情重者瘀点，瘀斑可迅速扩大，且因血栓形成而发生皮肤大片坏死，此外，疱疹，脓疱疹等亦偶可见到，约10%患者可出现唇周及其他部位单纯疱疹，后者常于发病后2天左右才出现，而在早期少见，少数患者脾脏亦可肿大，多数患者于1～2天内发展为脑膜炎。
(3)脑膜炎期：脑膜炎的症状可以和败血症同时出现，有时则出现稍晚，多数于发病后24h左右即较明显，患者高热及毒血症持续，全身仍有瘀点，瘀斑，但中枢神经系统症状加重，因颅内压增高而头痛欲裂，呕吐频繁，血压可增高而脉搏减慢，常有皮肤感觉过敏，怕光，狂躁及惊厥，脑膜的炎症表现为颈后疼痛，颈项强直，角弓反张，凯尔尼格(Kernig)征及布鲁津斯基(Brudzinski)征阳性，1～2天后患者可进入谵妄昏迷状态，此时病情已甚严重，可出现呼吸或循环衰竭或其他并发症，婴儿发作常不典型，除高热，拒食，吐奶，烦躁及啼哭不安外，惊厥，腹泻及咳嗽较成人为多见，而脑膜刺激征可能缺如，前囟未闭者大多突出，对诊断极为有助，有时因呕吐频繁，失水等原因而出现前囟下陷，造成诊断上的困难。
2.暴发型
少数患者起病急骤，病势凶险，如不及时抢救，常于24h内甚至在6h内即可危及生命，称为暴发型。
(1)暴发休克型：本型比较多见于儿童，但成人亦非少见，以高热，头痛，呕吐开始，但中毒症状严重，精神极度萎靡，可有轻重不等的意识障碍，有时出现惊厥，常于短期内(12h内)出现遍及全身的广泛瘀点，瘀斑，且迅速扩大，融合成大片皮下出血，或继以坏死，休克是本型的重要表现之一，出现面色苍灰，唇及指端发绀，四肢厥冷，皮肤花斑，脉搏细速，血压明显下降，脉压缩小，不少患者血压可下降至零，脑膜刺激征大多缺如，脑脊液大多澄清，细胞计数正常或轻度增加，血培养多为阳性，大多数患者实验室检查有DIC的证据，血小板减少，白细胞总数在10×109/L以下者常提示预后不良，血沉大多正常，后者或系纤维蛋白原并不增加而相反下降所致。
(2)暴发脑膜脑炎型：此型亦多见于儿童，脑实质损害的临床症状明显，患者迅速陷入昏迷，频繁惊厥，有阳性锥体束征及两侧反射不等，眼底检查可见静脉迂曲甚或乳头水肿，血压持续升高，部分患者发展为脑疝，枕大孔疝(小脑扁桃体疝)时小脑的扁桃体疝入枕骨大孔内，压迫延髓，此时患者昏迷加深，瞳孔明显缩小或散大，或忽大忽小，瞳孔边缘亦不整齐，双侧肢体肌张力增高或强直，上肢多内旋，下肢呈伸展性强直，呼吸不规则，或快，慢，深，浅不等，或暂停，或为抽泣样，点头样呼吸，或为潮式呼吸，常提示呼吸将突然停止，有时患者无呼吸节律改变的先兆，亦可突然停止，天幕裂孔疝(颞叶疝)则因颞叶的钩回或海马回疝入天幕裂孔，压迫间脑和动眼神经，其临床表现和上述相似，仅于出现呼吸衰竭前常有同侧瞳孔因动眼神经受压而扩大，光反应消失，眼球固定或外展，对侧肢体轻瘫。
(3)混合型：此型兼有上述两种暴发型的临床表现，常同时或先后出现，是本病最严重的一型。
3.慢性脑膜炎球菌败血症 此型罕见，较多见于成人，病程常迁延数月之久，患者常有间歇性发冷，寒战，发热发作，每次发热历时约12h后消退，相隔1～6天又有发作，体温曲线和疟疾颇类似，无热期一般情况良好，在发热后常成批出现皮疹，以红色斑丘疹最为常见，瘀点，皮下出血，脓疱疹亦可见到，有时可出现结节性红斑样皮疹，中心可有出血，皮疹多见于四肢，发热下降后皮疹亦消退，关节疼痛亦较常见，发热时加重，可为游走性，常累及多数关节，但关节腔渗液少见，少数患者有脾肿大，在慢性败血症病程中，小部分患者有时可因发生化脓性脑膜炎或心内膜炎而病情急剧恶化，有心内膜炎者大多死亡，其他化脓性并发症如附睾炎等亦可见到，发热期白细胞和中性粒细胞增高，血沉增快，诊断主要依据发热期的血培养，常需多次才获阳性，已有报道，先天性补体组分缺乏可以引起此型临床表现。
4.非典型型 原发性脑膜炎球菌肺炎近年来屡有报道，以Y群引起为主，临床表现除发热外，主要为呼吸道症状和体征，如咳嗽，咳痰，啰音等，X线检查可见节段性或大叶性炎症阴影，部分患者有少量胸腔积液，皮肤常无瘀点，血培养亦常阴性，痰培养或经气管吸引的分泌物培养可得脑膜炎球菌。
