奴卡菌侵犯皮肤和内脏，发生局部和全身感染，引起多种临床表现。
1.肺奴卡菌病
约75%的病例侵犯肺部，呈急性或亚急性起病，表现为小叶性或大叶性肺炎，以后趋向于慢性病程，可类似肺结核病表现，咳嗽，开始为干咳，无痰，继而产生黏脓性痰，也可在痰中带血;若有空洞形成，可有大量咯血，常伴有发热，盗汗，胸痛，消瘦，全身不适，体温在38～40℃之间，累及胸膜可发生胸膜增厚，胸腔积液或脓胸，窦道可以穿透胸壁，也可以伸展到整个腹腔内脏，继而引起血源播散，胸部X线表现多种多样，无特异性，如肺段或肺叶浸润性病变，厚壁空洞，坏死性肺炎，大叶性肺炎，单发或多发性肺脓肿，孤立性或多发性结节，胸腔积液，支气管胸膜瘘等，亦可表现为肺内粟粒性阴影，但较为少见。
2.脑奴卡菌病
约1/3病例有中枢神经系统受侵犯，多由肺部病灶迁徙而来，少数亦可为原发性，侵犯脑膜引起脑膜炎，侵犯脑实质形成多发性脓肿，亦可以相互融合成大的脓肿，出现脑膜刺激症状或脑占位性病变，可有头痛，头晕，恶心，呕吐，不规则发热，乏力，抽搐，麻木，偏瘫，颈项强直，视力障碍，神志不清，视盘水肿，淤血，外周血白细胞增高等表现。
3.播散性奴卡菌病
常由肺部病变开始血行播散到全身，肾脏是继脑以后较常见受累的部位，同时可发生心内膜炎，心肌炎和心包炎，肝，脾，肾上腺，胃肠，淋巴结以及肋骨，股骨，椎骨，骨盆和关节亦可受累，而胰腺，甲状腺，眼，耳，脊髓，垂体，膀胱受累较为少见。
4.皮肤奴卡菌病
常由植物损伤皮肤后引起病原菌侵入而发病，亦可由肺部病变扩展而来，可呈链状排列的皮下结节群出现于臂部，表现为孢子丝菌病样奴卡菌病，也可表现为脓肿及慢性瘘管或疣状损害类似皮肤结核，有的病人可发生广泛的水疱性皮疹，有的病人可发生坏疽性皮肤奴卡菌病，其表现开始为疼痛的皮下结节，表面皮肤潮红，以后迅速扩展并溃破，溃疡的边缘不规则，并向内陷入，溃疡表面有黏滞的黄白色脓液。
