本病临床表现为急性小管间质性肾炎，与药物引起的ATIN不同的是特发性ATIN不常伴有皮疹，血嗜酸性粒细胞增多，本病伴有乏力，厌食，恶心，肌痛，体重减轻，轻到中度贫血，血沉增快，尿检查可发现有血尿，白细胞尿，24h尿蛋白在1.5g以下，血肌酐和尿素氮水平增高，有抗TBM抗体的特发ATIN偶可发生特别严重的肾损害。
在小管间质肾病-葡萄膜炎综合征患者，发热亦常见，临床表现除持续性肾功能和小管功能损害，骨髓和淋巴肉芽肿外，还在病程某一时刻出现葡萄膜炎，部分病例可发生骨髓肉芽肿。
