典型的急性肾盂肾炎起病急骤，临床表现为发作性的寒战，发热，腰背痛(肋脊角处有明显的叩击痛)，通常还伴有腹部绞痛，恶心，呕吐，尿痛，尿频和夜尿增多，本病可发生于各种年龄，但以育龄妇女最多见，主要有下列症状。
1.一般症状 高热，寒战，体温多在38～39℃，也可高达40℃，热型不一，一般呈弛张型，也可呈间歇或稽留型，伴头痛，全身酸痛，热退时可有大汗等。
2.泌尿系症状 患者有腰痛，多为钝痛或酸痛，程度不一，少数有腹部绞痛，沿输尿管向膀胱方向放射;体检时在上输尿管点(腹直肌外线与脐平线交叉点)或肋腰点(腰大肌外缘与十二肋交叉点)有压痛，肾区叩痛阳性，患者常有尿频，尿急，尿痛等膀胱刺激症状，在上行性感染时，可先于全身症状出现。
3.胃肠道症状 可有食欲不振，恶心，呕吐，个别患者可有中上腹或全腹疼痛。
4.菌血症和脓毒血症 虽然有症状的急性肾盂肾炎患者，在其疾病过程中都可并发菌血症，但这种菌血症与更为严重的革兰阴性脓毒血症(即补体，凝血和激肽系统的激活所致的感染性休克，DIC或两者同时出现)无明显的相关。
5.休克和DIC 当肾盂肾炎出现休克或DIC时，必须排除尿路梗阻的可能，其中尤为重要的一种情况是与急性肾乳头坏死相关的梗阻性肾病，它可由肾乳头的脱落而造成输尿管梗阻，如果糖尿病病人出现严重的肾盂肾炎或菌血症，尤其是病人对治疗反应差时，应高度怀疑并发肾乳头坏死的可能。
6.儿童患者 儿童患者的泌尿系症状常不明显，起病时除高热等全身症状外，常有惊厥，抽搐发作，2岁以下小儿如出现发热，呕吐，非特异性的腹部不适或不好动，可能是急性肾盂肾炎;个别唯一有意义的证据可能是不好动，UTI占其发热性疾病的10%左右;对于年龄较大的小儿，其临床表现与成人较为相似，当小儿反复出现遗尿时，常常提示与肾内感染相关的尿液浓缩功能的减退。
