起病多数缓慢，病程可为持续性，常有发作期与缓解期交替，起病急骤者占5%，病情发展快，全身中毒症状明显，并发症多见，病死率高，缓解期病情亦可突然加剧，精神刺激，疲劳，肠道炎症，饮食失调常为本病的诱发因素。
1.消化系统表现
(1)腹泻(diarrhea)：腹泻程度轻重不一，轻者每天排便3～4次，或腹泻与便秘交替出现，重者排便频繁，可每1～2小时1次，病初为稀便，4～6次/d，进行性加重,排黏液血便，血便，水样便，稀烂便和脓便，尤其是黏液血便几乎成为本病所有活动期患者的必有症状，常见里急后重，急性发病者开始即为血便伴腹痛，呕吐，发热及其他中毒症状。
(2)腹痛(abdominal pain)：轻型及缓解期患者可无腹痛，腹痛一般为轻，中度，常局限于左下腹或下腹，亦可涉及全腹，有疼痛-便意-便后缓解的规律。
(3)其他症状：常有腹胀，严重者有食欲不振，恶心，呕吐等症状。
(4)体征：轻型者除左下腹有轻压痛外，多无其他体征，重型和暴发型者可有腹胀，腹肌紧张，腹部压痛或反跳痛，部分病人可触及痉挛或肠壁增厚的乙状结肠或降结肠。
2.全身表现：
轻者常不明显，重者可有发热，水电解质紊乱;病儿由于长期腹泻，便血，食欲不振，心率增快，衰弱，精神萎靡，久之即出现贫血和营养不良等表现，约有3%的患者表现为情绪不稳定，如抑郁，焦虑，失眠等;重症病例亦可伴有生长发育障碍，青春发育延迟，部分病儿伴有精神，心理及情绪异常。
3.临床分型：
(1)按病程：按临床表现和过程可分为以下4型：
①初发型：症状轻重不一，既往无溃疡性结肠炎病史，可转变为慢性复发型或慢性持续型。
②慢性复发型：症状较轻，临床上多见，治疗后缓解期长短不一，发作时有典型溃疡性结肠炎病变;缓解期检查见黏膜轻度充血，水肿，部分患儿可转变为慢性持续型。
③慢性持续型：起病后有持续轻重不等的腹泻，间断血便，腹痛及全身症状，持续数周至数年，其间可有急性发作。
④急性暴发型：此型青少年所占比例明显高于成人，起病急，全身及局部症状均严重，高热，腹泻及大量血便，可致贫血，脱水和电解质平衡紊乱，低蛋白血症，营养不良，并易发生中毒性结肠扩张，肠穿孔和腹膜炎。
(2)按病情：根据病情轻重可分为以下3度：
①轻度：最常见，消化系统症状较轻，全身症状不明显。
②中度：介于轻度和重度之间，消化系统症状较重，有轻度全身症状。
③重度：有明显全身症状，消化系统症状明显，并发症多见，癌变机会较多，大多数病人为慢性发病，10%病人为急性发作，经治疗症状缓解后可反复再发。
4.肠道外症状：
25%病儿可伴有关节炎，以四肢及脊柱为主，关节症状有时发生在腹泻之前，10%的病儿发生皮肤病变，如结节性红斑，坏疽性脓皮病等，2%可伴有视网膜炎，口腔溃疡等， 临床有慢性腹泻，黏液便或血便，疑诊本病时应做下列检查：
①多次粪常规检查和粪培养寻找痢疾杆菌等肠致病菌，涂片寻找肠阿米巴滋养体，以及根据流行地区特点做排除血吸虫肠病等检查。
②乙状结肠镜或结肠镜检查及黏膜活检。
③钡剂灌肠检查，同时除外肠道其他疾病。
