患者可全无症状，亦有误诊为腹部肿瘤、阑尾炎、胰腺炎、十二指肠溃疡等，或因并发症就诊。有临床表现者，可分为3类症状：
1、一类为腰部或脐部疼痛，下腹部肿块；另一类为胃肠道紊乱症状，如腹胀、便秘等；第三类为泌尿系合并症状，如感染、积水、结石等合并有尿频、脓尿、血尿等症状。
2、由于输尿管在肾盂高位开口，以及肾盂受肾融合的限制，不能正常旋转，输尿管越过融合部时向前移位，导致尿流不畅等，使80%的病例发生肾积水，同时也易导致感染和结石。
3、除了可能发生的腹部肿块外，马蹄形肾常无自身特有的症状，临床上的表现是非特异性的。许多异常可在超声或分泌性尿路造影中偶尔发现。围生期超声检查可在出生前发现异常，其影像学表现十分容易诊断。
