腰痛是腰椎结核最常见的症状，疼痛的性质多为钝痛或酸痛，伴有压痛及叩击痛，在劳累、咳嗽、睡前疼痛加重。上腰椎结核可有大腿痛，下腰椎结核可有坐骨神经痛，这是由于结核脓肿、肉芽组织及坏死的椎间盘或死骨向后突入椎管内，使脊髓或神经根受到压迫或刺激时，可出现放射痛。具体表现如下：
疼痛
初期局部疼痛多不明显，待病变发展刺激或压迫其邻近的神经根，如胸椎结核的出现肋间神经痛;腰椎结核刺激或压迫腰丛神经引起腰腿痛;单纯骨结核或滑膜结核发展为全关节结核时疼痛加重，往往这时才引起病人注意。为了减轻疼痛，患部肌肉一直处于痉挛状态，借以起保护作用。当病人体位改变时，尤其是在夜间熟睡失去肌肉痉挛的保护时，疼痛更加明显，小儿常常表现夜啼等。
功能障碍
通常病人的关节功能障碍比患部疼痛出现更早。为了减轻患部的疼痛，各关节常被迫处于特殊的位置，如肩关节下垂，肘关节半屈曲位，髋关节屈曲位，踝关节足下垂位。颈椎结核常用两手托下颌，胸椎或腰椎结核者肌肉保护性痉挛，致使弯腰困难而小心下蹲拾物等特有的姿势。
畸形
随着病变发展，骨关节或脊椎骨质破坏，上述特有的姿势不变且进一步发展，关节活动进一步受限而出现畸形，脊柱结核多出现成角后凸畸形。
