干酪性鼻窦炎应与真菌感染、恶性肉芽肿及鼻腔鼻窦恶性肿瘤相鉴别，特别是当本病进入晚期更易与鼻腔鼻窦恶性肿瘤相混淆。
翟立杰等1995年报道6例诊断为上颌窦癌而后经手术探查及病理检查证实为干酪性上颌窦炎，因此，单凭CT扫描出现骨质破坏不能简单地诊断为上颌窦癌，应从上颌窦的密度、均匀度、CT值及骨质破坏的特点等方面加以鉴别。
1、密度：干酪性上颌窦炎密度低，均匀，CT值30～50Hu，而鼻腔鼻窦肿瘤密度高，不均匀，CT值在60Hu以上。
2、骨质破坏：干酪性鼻炎、鼻窦炎无明显软组织肿块，常表现为骨质受压而变薄，窦腔明显扩大，而鼻腔鼻窦肿瘤有明显软组织肿块，骨质为溶骨性破坏，骨质破坏不规则且中断，窦腔扩大不明显。蔡钺候等报告143例上颌窦癌中合并6例干酪性上颌窦炎，而同时期治疗干酪性上颌窦炎仅17例，说明1/3干酪性上颌窦炎病例有可能伴发恶性肿瘤，故应提高警惕，做全面检查，包括病理检查，综合分析，以防漏诊误诊。
