一、实验室检查 常规化验 血常规和生化检查可了解有无贫血、白细胞增多和糖尿病以及电解质和酸碱平衡情况。新鲜粪便检查是诊断急、慢性腹泻病因最重要步骤，可发现出血、吞噬细胞、白细胞、原虫、虫卵、脂肪滴、未消化食物等。隐血试验可检出不显性出血。粪培养可发现致病微生物，如弯曲杆菌属、沙门菌属、志贺菌属、艰难梭菌等。通常水样便培养不易获得阳性结果。此外，耶尔森菌属、邻单胞菌属、肠出血性大肠杆菌属O157：H7、气单胞菌属及非霍乱弧菌属等因不予常规检查而易漏诊。但应强调粪便化验时粪便取材要新鲜，送检应及时，否则会影响诊断，此外，如一次培养阴性时，不能轻易否定感染性腹泻，还应多次送粪便培养，有时会获得阳性结果。
二、影像学检查
(1)X线检查：钡餐或钡剂灌肠检查可了解胃肠道的功能状态，蠕动情况等，对小肠吸收不良，肠结核，克罗恩病，溃疡性结肠炎，淋巴瘤，结肠癌等有重要诊断价值。(2)B超，CT或MRI检查：可观察肝脏，胆道及胰腺等脏器有无与腹泻有关的病变，对肠道肿瘤性病变也可提供依据，因此，B超，CT及MRI检查对消化吸收不良性腹泻及肿瘤性腹泻等均有辅助诊断价值。(3)结肠镜检查：结肠镜检查对回肠末端病变，如肠结核，克罗恩病，其他溃疡性病变以及大肠病变，如溃疡性结肠炎，结肠，直肠息肉及癌肿，慢性血吸虫肠病等均有重要诊断价值。(4)逆行胰胆管造影检查：对胆道及胰腺的病变有重要诊断价值。(5)小肠镜检查：虽然小肠镜检查未能普遍开展(新型小肠镜即将问世)，但其对小肠吸收不良及Whipple病等有较重要诊断意义，小肠镜直视下可观察小肠黏膜的情况，活组织病理检查可判断微绒毛及腺体的变化等。(6)小肠粘膜活组织检查 某些寄生虫，如贾第虫属、类圆线虫属等感染大便中难以检测到病原菌，弥漫性小肠粘膜病变，如热带性口炎腹泻、乳糜泻、Whipple病、弥漫性小肠淋巴瘤等，可经口插入小肠活检管吸取小肠粘膜作病理检查以帮助诊断。(7)血清胃肠道激素与化学物质测定。
