致病的革兰氏阳性厌氧球菌是消化球菌和消化链球菌，这些球菌是口腔、上呼吸道和大肠中正常菌群的组成部分。主要革兰氏阴性厌氧杆菌有脆弱拟杆菌、产黑色素拟杆菌和梭状拟杆菌。脆弱拟杆菌族是正常大肠内菌群的一部分，包括从腹腔内感染最常分离得到的厌氧致病菌。
厌氧菌感染的特点多为内源性，牙周炎及牙根管炎厌氧菌感染率高达96%以上，肛周、腹部和肺部厌氧菌和需氧菌混合性感染率达70%以上;肺部感染和肺脓肿厌氧菌感染率为40%以上，病原菌以革兰阴性厌氧杆菌居多。
机体免疫功能低下时，如癌症、骨髓移植等患者容易引发菌血症，重症监护病房的患者因长期住院,容易发生医源性感染。
