细菌性肝脓肿原因主要是全身细菌性感染，特别是腹腔内感染时，细菌侵入肝脏，如病人抵抗力弱，可发生肝脓肿。肝脏接受肝动脉和门静脉的双重血供，并通过胆道和肠腔相通，因此肝脏受细菌感染的机会和途径较多。细菌可经下列途径侵入肝脏：
这是第二常见的引起细菌性肝脓肿的渠道。体内任何部位的化脓性病变，比如化脓性骨髓炎、中耳炎、痈等并发菌血症的时候，细菌可经过肝动脉侵入肝脏。
这是较为少见的侵入途径。如坏疽性阑尾炎、痔核感染、菌痢等，细菌可经过门静脉进入肝内。近年来随着抗生素广泛而有效的应用及手术治疗的进步，使继发于其他腹腔感染而引起的细菌性肝脓肿病例已少见。
除此外，肝脏附近的感染病灶的细菌可通过淋巴系统侵入肝脏，开放性肝损伤时，细菌可直接经过伤口侵入肝脏，引起脓肿。
细菌性肝脓肿的致病菌大多为大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、厌氧链球菌、类杆菌属等。单个肝脓肿容积有时可以很大；多个肝脓肿的直径则可在数毫米到数厘米之间，数个脓肿也可融合成一个大脓肿。
胆道蛔虫症、胆管结石等并发化脓性胆管炎时，细菌沿着胆管上行，进入肝脏内部，从而引起细菌性肝脓肿。
