大量资料证实，克山病的发病与生物地球化学因素有关，其中硒缺乏可能是克山病的基本致病因素，但不是惟一因素;饮食中营养物质缺乏是克山病较为重要的致病因素之一;一氧化碳中毒等其他因素也可作为该病的诱发条件。
(1)硒缺乏：高发区水土中硒缺乏及硒与钼，镁，锰等微量元素间的平衡失调与克山病的发病有关，其主要依据有：高发区为低硒地带，国外低硒者也有类似病例报告;高发区水土和农作物主食中含硒量明显低于非发病区;高发区居民普查发现尿硒，发硒和血硒均低于非发病区;补硒后发病率明显下降，可预防急性型和亚急性型的发生;高硒区人群无克山病发病，但亦发现某些低硒地区无克山病发生;新发病者的硒水平与未发病者无明显差异;高发病季节，病区人群硒水平无相应降低;即使在低硒地区，每年的发病率亦不相同;不同硒水平的患者其心肌超微结构病变无明显差异，但均有线粒体固有病变，上述事实表明低硒不是克山病的始动因素。
(2)饮食中营养物质缺乏：补硒不能预防潜在型克山病的发生，且高发区农作物中除硒缺乏外，尚有其他化学元素含量异常;高发区低硒者中营养充足的不发病，上述事实表明除缺硒外，营养物质中某些氨基酸和维生素的缺乏可能参与了克山病的发病，高发区人群中维生素E含量较低，抗氧化能力下降，可能与克山病发病有关，大规模普查发现，高发区人群发病与否的关键是饮食结构和饮食习惯，偏食和不合理饮食者发病率高，同时动物实验表明，用高发区的饲料喂养大白鼠，其心肌实质病变检出率高。
(3)一氧化碳中毒：北方地区冬季烧炕取暖，易致一氧化碳中毒，可引起心肌缺氧，加重心肌损伤，可能也与克山病发病有关。
克山病属于自然疫源性疾病，有流行趋势，与病毒感染的特点相符，但缺乏依据，从克山病患者大便，血液和尸解标本中分离病毒的报告结果很不一致，且即使病毒分离成功，其阳性率也不高(16.3%)，1997年，杨英珍等采用PCR技术检测克山病心内膜活检或尸解心肌标本中的肠道病毒RNA，其阳性率为 82.2%，认为克山病与某些嗜心肌病毒感染有关，目前大多数学者认为，病毒感染在克山病发病中起复合致病因素的作用。
研究发现，克山病心肌活检及尸解标本中有IgG沉积，克山病血清中可检测出抗心肌抗体，抗核抗体，且免疫复合物滴度明显增高，提示免疫损伤可能与克山病的发病有关，但免疫损伤是致病因子还是克山病的后果尚不明确。
硒缺乏及营养物质缺乏使酶类生成异常或不足，其中包括超氧化物歧化酶等氧自由基清除剂，机体内氧自由基生成增多导致膜氧化损伤，使膜抗氧化能力下降，引起心肌线粒体病。
