发病原因：
隐球菌是土壤真菌，并寄生于鸟类，特别是鸽子。隐球菌为条件致病菌，从呼吸道侵入人体，引起肺部轻度炎症，当机体免疫力下降，如全身慢性消耗性疾病，严重创伤，长期大剂量使用抗生素，皮质激素或免疫抑制剂时，经血行播散进入颅内，对中枢神经系统具有亲嗜性。
隐球菌的中枢神经系统感染，以脑膜炎性病变为主，脑膜广泛增厚，脑组织水肿，脑回变平。沿脑沟或脑池可见小肉芽肿、小囊肿或小脓肿。有时在脑的深部组织也可见较大的肉芽肿或囊肿。镜检下，脑膜有淋巴细胞和单核细胞浸润。肉芽肿由成纤维细胞、巨嗜细胞和坏死组织组成。囊肿内含有大旦的胶状物质。在这些病变组织内均可找到隐球菌。
发病机制：
1.发病机制：国内陈裕充2000年报告，多糖荚膜是构成荚膜毒性的最主要成分，它主要通过介导对吞噬细胞的抑制，减少诱发特异性T淋巴细胞反应，研究发现荚膜厚度与其抗吞噬能力呈正相关，且主要与荚膜多糖的高分子量片断有关，此外，多糖荚膜还通过激活补体，抑制吞噬细胞释放细胞因子IL-6和 IL-1β等，抑制机体免疫反应，使菌体逃避宿主防御系统的清除而致病。
黑素是隐球菌另一重要致病因子，它的产生与细胞壁的膜结合酚氧化酶有关，大脑中丰富的儿茶酚胺可作为其重要的作用底物，推测可能是隐球菌对中枢神经系统有高度亲和力的原因之一，黑素的毒性作用主要是抗自由基，国外研究发现，一个隐球菌细胞产生的黑素，足以清除大量由激活的巨嗜细胞产生的细胞氧化剂，在体内，它通过清除超氧化物和其他氧化物，保护酵母细胞免受宿主细胞产生的氧化物的破坏，此外，黑素还有抵抗紫外线的抗真菌效应，降低二性霉素 B 的敏感性等作用，可能是导致隐球菌在体内持续蔓延，难以治愈的原因之一。
长期大量应用广谱抗生素，免疫抑制药，抗癌药物，接受器官移植术及白血病，AIDS，淋巴肉瘤，系统性红斑狼疮，结核病，糖尿病等患者成为该病主要易感人群，当机体免疫功能低下时，隐球菌在脑内繁殖并产生大量抵抗宿主防御反应的毒性因子，引起隐球菌性脑膜炎或脑膜脑炎。
2.病理改变：大体显示脑膜血管充血，脑回增宽，脑沟变浅，软脑膜混浊不清，尤以脑底部为重，桥池，视交叉池，小脑延髓池，外侧沟，脑底部及扩张的蛛网膜下隙内，可见黄色黏稠冻胶样的渗出物，脑沟，脑池或脑主质内可见小颗粒状结节或囊状物，内有胶样渗出物。
镜下胶样黏液中可见大量隐球菌，部分被多核巨细胞吞噬，脑主质，脑膜及蛛网膜下隙内有大量以淋巴细胞，单核细胞，多核巨细胞为主的炎性细胞浸润，发病缓慢者可见由大量成纤维细胞和毛细血管组成的肉芽肿及小脓肿，国内郑建仲等1999年报道一组隐球菌性脑膜炎尸检病例，发现小动脉周围有炎性细胞浸润，并有脑主质内出血及多处软化坏死灶。
