诊断
有长期大量应用抗生素，免疫抑制药及免疫低下性疾病如AIDS，淋巴瘤，白血病，器官移植等病史，亚急性或慢性进展的头痛，喷射性呕吐，脑神经受损及脑膜刺激征，脑脊液蛋白定量增高，氯化物及葡萄糖降低者，应考虑本病。
临床确诊需在脑脊液中找到新型隐球菌，由于其检出率受病灶部位，病程发展阶段等影响，故对可疑或久治不愈反复发作的脑膜炎，应反复作脑脊液墨汁染 色，培养或动物接种以寻找病原，通常墨汁染色阳性率较低，故需尽早应用脑脊液乳胶凝集(LA)或抗原酶联免疫测定法检测隐球菌抗原，以提高早期诊断率。
鉴别诊断
本病临床表现，脑脊液常规，影像学特点等与结核性脑膜炎极为相似，两者鉴别需依靠病原学证据，另外，还应与病毒性脑炎，脑脓肿，颅内肿瘤，脑猪囊尾蚴病(囊虫病)等相鉴别。
其他脑部真菌病还有曲菌病(aspergillosis)和毛真菌病(mucormycosis)，也应注意鉴别。
1.曲菌病(aspergillosis)：系由曲霉菌引起的一组慢性真菌病，曲菌作为一种条件致病菌，广泛存在于自然界及人类皮肤黏膜表面，本病呈慢性或亚急性起病，少数免疫功能严重低下者可急性起病，主要表现为脑脓肿所致颅内占位性病变症状，常有发热，头痛，恶心，呕吐，癫痫发作，此外，依不同感染途径及脓肿的形成部位，出现不同的局灶性症状，如偏瘫，失语，共济失调，精神异常，视野缺损等，严重者可因脑疝而死亡。
颅脑CT或MRI常显示单发或多发性脑脓肿，脑梗死，出血性梗死等改变，原发感染部位分泌物如痰液，鼻涕，脓液等直接涂片或培养，可找到菌丝及孢子，但不能作为确诊依据，因这些部位正常可有曲霉寄生，血清或脑脊液PCR检测曲霉菌DNA，对早期诊断有重要意义，病理学检查发现病变组织菌丝及孢子最有确诊意义。
2.毛真菌病(mucormycosis)：是由毛霉目真菌引起的一种少见的致死性真菌病，主要侵犯鼻，脑，肺，胃肠道及皮肤，严重者可经血行播散至全身，其中以脑毛真菌病最常见，糖尿病酸中毒为主要诱发因素，其次见于免疫缺陷性疾病，大量应用抗生素，免疫抑制药，器官移植等患者，感染常始发于鼻甲，鼻旁窦或咽部，引起蜂窝织炎，进一步侵犯眼眶至脑，脑膜;亦可侵入局部血管，经颈内动脉而至脑部。
本菌一旦侵入脑内，迅速引起脑炎，脑膜炎，多呈急性起病，少数呈亚急性或慢性，早期表现为鼻塞，头痛等类鼻窦炎症状，后出现发热，单侧面部肿胀，疼痛，鼻腔内有暗红色分泌物流出，侵及眼部引起眼睑水肿，眼球突出并活动受限，瞳孔散大，视力下降甚而失明，脑神经常受累，以第V，Ⅶ脑神经损伤最多见，出现周围性面瘫，面部麻木，角膜反射消失，动脉血栓形成可致偏瘫，失语等，部分出现脑膜刺激征，头痛，呕吐，意识障碍，晚期多因颅内压增高致脑疝而死亡。
颅脑CT或MRI显示脑脓肿，脑梗死，鼻窦混浊，骨质破坏，少数呈脑出血等改变，感染部位分泌物如脓血涕直接涂片镜检或培养，可发现毛霉菌，组织病理学找到病菌最有确诊意义。
