结膜炎的病因可根据其不同性质分为微生物性和非微生物性两大类。根据不同来源可分为外源性或内源性,也可因邻近组织炎症蔓延而导致。最常见的是微生物感染,致病微生物可为细菌、病毒、衣原体等,偶见真菌、立克次体、寄生虫感染。
物理刺激(风沙、烟尘、紫外线等)和化学性损伤(医用药品、酸碱或有毒气体等)也可引起结膜炎,也包括一些免疫性因素。