免疫力低下病人出现发热，咳嗽，咯血，呼吸困难，结合胸部CT影像学改变，实验室检查，可以初步诊断。
经环甲膜穿刺吸引或经纤支镜通过防污染毛刷采取的下呼吸道分泌物，肺组织，胸水，血，尿或脑脊液直接涂片或培养出念珠菌，即可确诊，痰液直接涂片或培养出念珠菌并不能诊断为真菌病，因约有10%～20%的正常人痰中可找到白色念珠菌，若有3%双氧水含漱3次，从深部咳出的痰连续3次培养出同一菌种的念珠菌，则有诊断参考价值。
鉴别诊断
1.细菌性肺炎：细菌性肺炎多有高热，咳嗽，咳痰，胸痛，气促等症状，肺部实变体征和湿Up音，白细胞升高，胸片示片絮状浸润阴影，但病原学诊断较困难，需从痰液或胸液中分离出致病菌。
2.病毒性肺炎：病毒性肺炎一般先引起上呼吸道感染，然后向下蔓延引起肺部炎症，因呼吸道黏膜防御功能受损，常诱发细菌感染，确诊需根据咽拭，痰液病毒分离及血清特异性抗体测定。
3.肺结核：常见于年轻患者，有低热，盗汗等症状，早期为刺激性干咳，而后有痰，空洞形成后咳嗽加剧，痰量增多，半数病人可有咯血，诊断主要根据胸片检查和痰或其他标本中找到结核菌或结核特异性病理改变。
