根据病史、临床表现和鼻咽镜检查及影像学检查，以活组织病理检查来明确诊断。
需与以下几种疾病相鉴别：
1、鼻咽炎：鼻咽炎为常见的上呼吸道感染之一，鼻咽位于鼻及咽的交界，鼻腔分泌物多由鼻咽下流再经口腔吐出，也增加了鼻咽感染的机会，鼻咽炎的临床表现多为鼻咽不适，鼻咽分泌物增多表现为鼻咽滴漏，或咽喉异物感、鼻咽疼痛等，临床检查见鼻咽黏膜充血及分泌物增多等，最终确诊须依赖病理检查。
2、鼻咽结核：可在鼻咽部形成浅表溃疡或肉芽状隆起，甚至累及整个鼻咽腔。如患者同时伴有颈部淋巴结结核时，与鼻咽癌颇为相似，需做活检才能做出诊断，特别要注意是否有癌与结核并存。鼻咽结核单独发生较少，患者可同时患肺结核等，血清结核抗体的检查及分泌物结核杆菌细菌学检查可以帮助诊断。鼻咽癌的鉴别诊断鼻咽纤维血管瘤：鼻咽纤维血管瘤为发生在鼻咽部最常见的良性肿瘤，肿瘤常通过裂隙向邻近组织扩张。肿瘤好发于20岁左右的青年男性。间接鼻咽镜检查可见鼻咽部暗红色肿块，表面光滑呈圆形或分叶状。
3、咽囊囊肿：几乎都起于生后保留下来的胚胎期形成的咽滑囊。此滑囊的形成或为胚胎脊索与咽外胚层的粘连，或为成年人的咽上皮增生所致。在脊索顶端退化回缩时，咽部上皮向内凹陷形成的囊性盲隐窝为咽囊。位于鼻咽顶部，接近增殖体的下缘。咽囊外口如有堵塞或感染则形成囊肿。囊肿形成在咽颅底筋膜深部。
4、鼻咽恶性肉芽肿及其他恶性病变：临床症状表现有鼻塞，流脓涕或血性脓涕，伴有臭味，常有发热。检查可见鼻咽黏膜充血肿胀、糜烂、呈肉芽状，表面附有脓性分泌物。常伴有鼻腔、口咽及喉腔病变。可有双侧颈部淋巴结肿大，呈融合改变。最后确诊有赖于鼻咽部活检及免疫组化检查。
