1.血液检查
(1)血培养：是确诊本病的主要依据，而且还可以随访菌血症是否持续，在抗生素应用之前应做好血培养，有75%～85%患者血培养阳性，也是诊断本病的最直接的证据，取静脉血10～20ml，最好在高热寒战时采血，且多次采血培养以提高阳性率，同时应作厌氧菌培养，至少保留观察2周，15%～20%感染性心内膜炎血培养阴性，尤其是隐球菌，念珠菌性感染性心内膜炎和长时间感染性心内膜炎应用抗生素后，若静脉血培养阴性，必要时可采用动脉血，骨髓或栓子培养，也可根据病情发展及治疗反应作出诊断。
(2)一般化验检查：红细胞和血红蛋白降低，后者大都在6%～10g%，偶可有溶血现象，血白细胞增高或正常，分类中可有单核细胞增多，血沉增快，血清γ球蛋白增高，IgG，IgM增高，补体降低，类风湿因子阳性。
急性感染性心内膜炎患者血常规检查常见血白细胞明显增多，中性粒细胞核左移，可有中毒颗粒,有时可见到左移，此外，可出现进行性贫血，血培养易获阳性致病菌，且多为化脓性细菌。
(3)血清免疫学检查 亚急性感染性心内膜炎病程长达6周者，50%类风湿因子呈阳性，经抗生素治疗后，其效价可迅速下降，有时可出现高γ球蛋白血症或低补体血症，常见于并发肾小球肾炎的患者，其下降水平常与肾功能不良保持一致，约有90%患者的循环免疫复合物CIC阳性，且常在100µg/ml以上，比无心内膜炎的败血症患者高，具有鉴别诊断的价值，血培养阴性者尤然，但要注意系统性红斑狼疮，乙型肝炎表面抗原阳性患者及其他免疫性疾病中CIC血清水平也可大于100µg/ml，其他检查尚有真菌感染时的沉淀抗体测定，凝集素反应和补体结合试验，金黄色葡萄球菌的胞壁酸抗体测定等。
2.尿液分析
半数以上患者可出现蛋白尿和镜下血尿或肉眼血尿，红细胞呈多形型，少部分可有红细胞管型，轻度蛋白尿，但脓尿或管型尿也偶有发生，有的尿常规也可正常，当肾功能衰竭时则出现相应的变化，血尿素氮和肌酐轻度增高，但也可发生严重或进行性肾功能衰竭。
1.肾活检病理检查 急性者仅见中性粒性白细胞，单核细胞浸润，内皮和系膜细胞增殖，而亚急性心内膜炎患者的肾小球呈现弥漫性损害，上皮下，内皮下，基膜内及系膜区均可见IgG，IgM和C3的沉积，毛细血管内外细胞增生，并可见肾小球硬化。
2.心电图 对无并发症的感染性心内膜炎无诊断价值，但当出现不完全或完全性房室或束支传导阻滞或室性期前收缩时，提示高位或低位室间隔脓肿或心肌炎，心电图示心肌梗死或心脏阻滞者预后差，新近出现心脏传导阻滞提示脓肿或动脉瘤形成，常需手术。
3.超声心动图 对诊断感染性心内膜炎及其某些心内并发症具有重要的价值，近来发展的经食管二维超声心动图显著地优于经胸壁二维超声心动图，能检出更小的直径在1～1.5mm的赘生物，不受机械瓣造成的回声的影响，更适用于肺气肿，肥胖，胸廓畸形，大大地提高了诊断率，还能探测瓣膜破坏的程度或穿孔，腱索的断裂，连枷的二尖瓣或三尖瓣，感染性的主动脉瘤和因感染的主动脉瓣反流引起二尖瓣前叶心室面内膜损害所致的二尖瓣瘤，以及各种化脓性心内并发症，发主动脉根部或瓣环脓肿，室间隔脓肿，心肌脓肿，化脓性心包炎等，并有助于判定原来的心脏病变，对瓣膜反流的严重程度和左室功能的评估，可作为判断预后和确定是否需要手术的参考。
4.心导管检查和心血管造影 对抗菌治疗反应佳且无心力衰竭患者通常不需要该检查，但在内科治疗无效而考虑手术时，则心导管检查和心血管造影可提供重要的资料，例如解剖异常包括瓣膜损害，先天性缺损，冠状动脉病变，主动脉缩窄或真菌性动脉瘤等，同时尚可测定心排量，左右心压力和二尖瓣或主动脉瓣反流程度，以决定择时行瓣膜置换术，有人通过心导管在瓣膜的近，远端取血标本，测定细菌计数的差别，认为可确定本病感染的部位，但心导管检查和心血管造影可能使赘生物脱落引起栓塞，或引起严重的心律失常，加重心力衰竭，须慎重考虑，严格掌握适应证。
5.放射性核素67Ga(稼)心脏扫描 对心内膜炎的炎症部位和心肌脓肿的诊断有帮助，但需72h后才能显示阳性，且敏感性，特异性明显差于二维超声心动图，且有较多的假阴性，故临床应用价值不大。
6.影像学检查
(1)胸部X线检查 仅对并发症如心力衰竭，肺梗死的诊断有帮助，当置换人造瓣膜患者发现瓣膜有异常摇动或移位时，提示可能合并感染性心内膜炎。
(2)计算机化X线断层显像(CT)或螺旋CT 对怀疑有较大的主动脉瓣周脓肿时有一定的诊断作用，但人造瓣膜的假影及心脏的搏动影响了其对瓣膜形态的估价，且依赖于造影剂和有限的横断面使其临床应用受限。
(3)磁共振显像(MRI) 因不受人造瓣膜假影的影响，当二维超声心动图不能除外主动脉根部脓肿时，可起辅助作用，然而费用较贵。
