在免疫缺陷病人，由于有治疗不当的危险，需采取有创性手段(如支气管镜检,经胸壁肺穿刺或开放式肺活检)以利明确诊断，通过支气管镜检(经支气管活检)或开放性手术获取组织，用于组织学检查或培养，虽然采取后一种办法一般需全身麻醉且在术后要留置胸导管，但可以在直视下在病变部位采取足够的标本，此办法仍是最有诊断价值的可靠措施，然而，许多病人病情太重，无法承受有创性活检，在这种情况下，经纤维支气管镜与支气管肺泡灌洗常可提供具有诊断价值的标本。
