蛔虫进入胆道后不一定立即出现并发症，只有当机体抵抗力下降，胆道发生梗阻，胆汁引流不畅时才可能出现并发症，常见并发症如下：
1、胆道感染化脓性胆管炎，占40%;胆囊炎，占40%;败血性休克，占6%，此时，病人除右上腹绞痛外，常伴寒战，高热，皮肤巩膜黄染，腹胀加剧，查体右上腹压痛范围扩大，并有肌紧张，如出现胆道梗阻，可扪及肿大的胆囊，急性胆囊炎时，墨菲征阳性。
2、胆道出血 出现率为3.5%，常发生于胆道感染的基础上，先有发热，腹痛等，随后出现呕血，黑便。
3、肝脓肿 在肝内胆管炎的基础上，可继发肝炎，肝脓肿，肝脓肿常为多个分散小脓肿，脓肿破溃时，可出现膈下积脓或脓胸。
4、急性胰腺炎 出现率为3.5%，由于蛔虫刺激Oddi括约肌痉挛及虫体堵塞，造成胆汁和胰液引流不畅，使感染的胆汁和(或)胰液逆流入胰管而激活胰酶，引起急性胰腺炎;虫体钻入胰管可引起坏死性胰腺炎;虫卵沉积于胰管引起炎症，纤维化，可致慢性胰腺炎，这是早年我国胰腺炎的一种特殊原因。
5、胆系结石症 发生率约为19%，胆道内的蛔虫残骸碎段或残留角质可作为结石核心，形成结石，此种结石多为胆色素性结石，此外，雌性蛔虫每天产出大量虫卵，也可成为结石核心。
6、其他 胆总管穿孔率约<1%，胆囊穿孔<1%，腹膜炎占6%，脓胸占2%～6%，胆管狭窄占1%～3.5%。
