室间隔缺损的常见并发症是亚急性感染性心内膜炎。
个别病例可伴有先天性房室传导阻滞、脑脓肿、脑栓塞等。病程后期多并发心力衰竭。如选择适当时机手术，则预后良好。
手术并发症包括：
1、室间隔残余漏 ：多发生于室间隔缺损修补时遗漏、术中显露不良而漏缝，以及组织撕裂等。关键是术中预防发生。室间隔缺损修补术后早期，患者如有循环不稳定，听诊有明显的杂音，要及时做床边超声心动检查以除外残余分流。一旦超声证实参与分流，应该尽早二次手术修补。
2、Ⅲ度房室传导阻滞： 因为心脏传导系统(希氏束)行至三尖瓣隔瓣和前瓣交界附近进入室间隔，所以膜周室间隔缺损修补术后，容易出现房室传导阻滞。对术后出现非窦性节律和心率减慢的患者，应安装心表起搏导线，用临时起搏调控心率，并加用提高心率、加快房室传导的药物。手术后一个月仍无改善者，应做电生理检查，必要时安装永久性起搏器。
3、主动脉瓣关闭不全： 由于先天性主动脉瓣脱垂或术中缝线牵拉主动脉瓣环，甚至直接创伤或缝挂主动脉瓣叶引起术后主动脉瓣关闭不全，以致术终心脏复苏困难，或术后心脏增大，脉压宽，胸骨左缘有舒张期杂音，心功能不全等表现。因此术中应探明主动脉瓣情况，确认其解剖关系，避免创伤。一旦发生，应争取尽早手术修复。心肺功能不全 室间隔缺损并发肺动脉高压的病人，由于手术创伤，术中心肌保护差或有残余漏、传导阻滞、主动脉瓣关闭不全等情况，术后引起心肺功能不全，表现为低心排、右心衰、肺淤血等征象，严重影响病人的恢复。
