潜伏期12～36h，最短为2～6h，长者可达8～10天，中毒剂量愈大则潜伏期愈短，病情亦愈重。
起病突然，病初可有头痛，头昏，眩晕，乏力，恶心，呕吐（E型菌恶心呕吐重，A型菌及B型菌较轻）；稍后，眼内外肌瘫痪，出现眼部症状，如视力模糊，复视，眼睑下垂，瞳孔散大，对光反射消失，口腔及咽部潮红，伴有咽痛，如咽肌瘫痪，则致呼吸困难，肌力低下主要见于颈部及肢体近端，由于颈肌无力，头向前倾或倾向一侧，腱反射可呈对称性减弱。
植物神经末梢先兴奋后抑制，故泪腺，汗腺及涎腺等先分泌增多而后减少，血压先正常而后升高，脉搏先慢后快，常有顽固性便泌，腹胀，尿潴留，病程中神志清楚，感觉正常，不发热，轻者5～9日内逐渐恢复，但全身乏力及眼肌瘫痪持续较久。
