本病潜伏期长短不一，一般为2～10年，临床表现十分复杂，多与机会性感染或肿瘤有关，通常感染HIV之初，可有一个急性感染的临床表现，然后，在相当长的一段时间内可无任何症状，或仅有全身淋巴结肿大，尔后发生机会性感染及肿瘤出现而成为获得性免疫缺陷综合征，临床上将其分为四期，表现为渐进的和连贯的发展过程。
1.急性感染期
感染HIV后，HIV刺激机体引起免疫反应，部分患者出现一过性类传染性单核细胞增多症样症状，起病急骤，出现发热出汗，头痛，咽痛，恶心，厌食，全身不适，关节肌肉疼痛等症状，同时可伴有红斑样皮疹，呕吐，腹泻，全身淋巴结肿大或血小板减少，有的还出现急性无菌性脑膜炎，表现为头痛，神经系统症·状和脑膜刺激症。
外周血检查，白细胞总数正常，或淋巴细胞减少，单核细胞增加，淋巴细胞亚群检查CD4/CD8细胞比例可无明显变化，此期持续一两个星期，由于此期症状无特征性，且较轻微，常易误诊为感冒而被忽略，在被感染2～6周后，血清HIV抗体可呈现阳性反应，此后，进入一个长短不等的，相对健康的无症状感染期。
2.无症状感染期
此期感染者除血清HIV抗体阳性外，可无任何症状，T细胞数量可进行性减少，但病毒在持续复制，且感染者已具有传染性，此期的长短个体差异很大，现在认为是2～10年，一般6～8年，这对早期发现患者及预防都造成很大困难。
3.获得性免疫缺陷综合征前期
亦称“持续性全身淋巴结肿大综合征(persistant generalized lymphadenectasis syndrom，PGLS)”，“获得性免疫缺陷综合征相关综合征(AIDS related complex，ARC)”等，此期突出的临床表现是持续性全身淋巴结肿大，除腹股沟淋巴结以外，其他部位两处或两处以上淋巴结肿大，直径1cm，持续3个月以上，无其他原因可解释者均属此期，淋巴结肿大多对称发生，触之质地韧，可自由活动，无压痛，对一般治疗无反应，常伴有疲劳，发热，全身不适和体重减轻等，部分病例肿大的淋巴结年余后消散，亦可重新肿大，约30%患者可只有浅表淋巴结肿大，而无其他全身症状，有的患者出现头痛，抑郁或焦虑，有的出现感觉神经末梢病变，甚至出现反应性精神紊乱等精神神经系统症状，可能与病毒侵犯神经系统有关，部分患者已有免疫缺陷的表现，除上述的浅表淋巴结肿大和全身症状外，反复出现各种特殊性或复发性的非致命性感染。
近年来许多学者主张取消获得性免疫缺陷综合征前期，将淋巴结肿大等归入无症状感染期，但全身一些表现归入到获得性免疫缺陷综合征期。
4.获得性免疫缺陷综合征期
除具有获得性免疫缺陷综合征前期的特征外，可有明显的发热，疲乏，盗汗，出现不易控制的体重减轻(>10%)，持续性腹泻，持续性发热(>38℃)3个月以上等临床表现;并出现严重的免疫缺陷的临床表现，如：细胞免疫反应迟缓，机会性感染及恶性肿瘤，可累及全身各个系统及器官，且常有多种病原体(表1)引起感染和肿瘤并存。
主要受累系统或器官的临床表现如下。
(1)呼吸系统：主要是机会性感染引起的肺炎，卡波齐肉瘤以及肺结核等。
①卡氏肺孢菌肺炎(pneumocystosis carinii)：卡氏肺孢菌(肺囊菌)过去认为属原虫，称为卡氏肺孢子虫，现根据形态学和分子遗传学分析证实属于真菌，该菌引致感染最为常见，约占获得性免疫缺陷综合征肺部感染的80%，是获得性免疫缺陷综合征主要的致死原因，本病是由肺孢菌引起的间质性浆细胞性肺炎，其主要病理变化为肺内弥漫性，间质性和肺泡性水肿，肺泡内充满泡沫状水肿液及大量肺孢菌，肺泡壁变性坏死，肺间质内有大量淋巴细胞和浆细胞浸润，临床表现为发热，干咳，呼吸增快，呼吸困难，发绀，通气功能障碍;X线检查呈间质性肺炎表现，症状进行性加重，可死于呼吸衰竭，在痰，胸腔积液，气管灌洗液或气管内膜活检中找到病原菌可诊断本病。
此外，巨细胞病毒，弓形虫，隐球菌，类圆线虫，军团菌等亦可引起肺炎。
②卡波齐肉瘤：在有广泛皮损的获得性免疫缺陷综合征患者中，临床上诊断的肺部卡波齐肉瘤约为20%，尸检的发现率为50%，但在不伴有皮肤黏膜损害的获得性免疫缺陷综合征患者中，肺部卡波齐肉瘤较少见，大多数本病患者有发热，干咳，呼吸困难，但约40%的患者可无任何这类表现，大面积支气管内膜损害时可有喘息，喉部受累时可发生喘鸣，这些损害导致出血时，可有咯血，支气管镜检查或气管内膜活检可诊断本病，胸部X线检查亦有助诊断。
③肺结核：获得性免疫缺陷综合征发生的结核最常见于肺部，除具有咳嗽，咳痰，呼吸困难及胸痛等常见症状外，还有普通结核病的症状，如发热，盗汗，厌食及体重减轻等，有时其临床表现与卡氏肺孢菌肺炎或其他机会性感染难以区别，须借助病原学检查及X线检查来鉴别诊断。
(2)中枢神经系统：主要临床表现有头晕，头痛，进行性痴呆，幻觉，癫痫，肢体瘫痪，痉挛性共济失调，膀胱直肠功能障碍及脑神经炎等，除HIV引起的进行性亚急性脑炎外，最多见的是隐球菌脑膜炎，临床表现可参见相关章节，其他还有巨细胞病毒引起的亚急性脑炎，弓形虫性脑炎，类圆线虫感染，鸟分枝杆菌感染，脑淋巴瘤及卡波齐肉瘤等，尤以播散性类圆线虫感染为严重，常危及生命，诊断主要依靠脑脊液检查，头部X线及CT检查。
(3)消化系统：约3/4以上的获得性免疫缺陷综合征患者可出现消化系统病变，波及胃肠道的各个部分，假丝酵母菌(念珠菌)属，巨细胞病毒和疱疹病毒等侵犯口咽部及食管，引起溃疡，临床表现为吞咽痛，吞咽困难及胸骨后烧灼感，纤维食管镜检可确诊，胃受累相对较少，偶尔可有白念珠菌引起的蜂窝织炎性胃炎，巨细胞病毒引起的胃炎，卡波齐肉瘤亦可侵及胃，引起相应的临床表现，巨细胞病毒，鸟分枝杆菌，结核杆菌及药物等可引起肉芽肿性肝炎，急，慢性肝炎，脂肪肝及肝硬化等，卡波齐肉瘤及其他淋巴瘤亦可侵及肝脏，各种感染及肿瘤亦可侵犯胰腺，但诊断较难，隐孢子虫，巨细胞病毒，鸟分枝杆菌及卡波齐肉瘤等侵犯肠道，引起腹泻及吸收不良综合征，巨细胞病毒感染引起溃疡性结肠炎，可出现腹泻，脓血便等，其中肠道隐孢子虫感染较为常见，表现为慢性持续性腹泻，水样便可达数月之久，易致患者死亡，诊断依靠粪检，X线，肠道纤维镜检或肠黏膜活检等，直肠肛门癌在男性同性恋者的获得性免疫缺陷综合征患者中较为常见，可能由慢性肛周疱疹发展而来，或在性接触时传染乳头状瘤病毒所致。
(4)泌尿系统：主要是肾损害，获得性免疫缺陷综合征患者肾损害的发生率约为20%～50%，机会性感染是引起肾损害的主要因素之一，感染引起的体液及电解质异常，败血症，休克，肾毒性抗生素的使用及恶性肿瘤等均可引起肾损害，巨细胞病毒及EB病毒可引起免疫复合物肾炎，病理变化为局灶性或弥漫性膜增生性肾小球肾炎，急性肾小管坏死，肾小管萎缩及局灶性间质性肾炎等，HIV本身亦可能引起肾损害，导致HIV相关肾病，病理改变以局灶性节段性肾小球硬化最多见，特征性变化有肾小球血管丛塌陷，肾小球脏层上皮细胞显著肿胀与肥大，间质水肿，纤维化及炎性细胞浸润，肾小管微囊泡形成，电镜下可见肾小球内皮细胞小管网状包涵体等，获得性免疫缺陷综合征患者中静脉药瘾者较多见，海洛因及其污染物作为抗原，可引起免疫反应性肾损害，导致海洛因相关肾病，其病理改变也以局灶性节段性肾小球硬化为多见，但肾小球血管丛塌陷，肾小管微囊泡及肾小球内皮细胞小管网状包涵体等不及HIV相关肾病明显，临床上可有蛋白尿，氮质血症，或表现为急性肾衰竭或尿毒症等，其中海洛因相关肾病可在半年至6年的时间内进展为尿毒症，而HIV相关肾病可于2～4个月内迅速发展至尿毒症。
(5)皮肤黏膜表现：多数获得性免疫缺陷综合征患者均有皮肤黏膜感染，常见黏膜感染有口腔黏膜白假丝酵母菌感染，一般无症状，波及咽部及食管时，引起严重吞咽困难，皮肤感染有复发性单纯疱疹性口炎，慢性单纯疱疹性肛周溃疡，带状疱疹，水痘，皮肤真菌感染及甲癣等，同性恋者还可发生肛周尖锐湿疣和传染性软疣，脂溢性皮炎样病变常发生在患者的生殖器，头皮，面，耳及胸等处也可见到，表现为红斑样，角化过度的鳞屑斑，在面部常呈蝶形分布，病因不明。
(6)血液系统：血液系统异常在获得性免疫缺陷综合征患者较常见，主要包括粒细胞及血小板减少，贫血以及非霍奇金淋巴瘤等。
(7)其他：获得性免疫缺陷综合征患者眼部受累亦较常见，但易被忽视，常见有巨细胞病毒及弓形虫感染引起的视网膜炎，眼部卡波齐肉瘤等，HIV本身以及机会性感染或肿瘤亦可累及心血管及内分泌系统等，但临床表现常不明显或轻微，可能与发生率较低或不等这些系统病变的临床表现出现患者即已死亡有关，某些患者常有原因不明的长期发热，并伴有体重下降，全身不适及乏力等，有些病例的骨髓，淋巴结或肝活检标本中证实有分枝杆菌属细胞内感染，其预后可能比单纯合并肺部分枝杆菌属感染更差。
