临床症状主要包括上腹痛，腹胀，早饱，嗳气，厌食，烧心，反酸，恶心和呕吐，病程多在2年内，症状可反复发作，也可在相当一段时间内无症状，可以某一症状为主，也可有多个症状的叠加，多数难以明确引起或加重病情的诱因。
目前采用较多的是4型分类：①运动障碍样型；②反流样型；③溃疡样型；④非特异型。
1.运动障碍样消化不良：此型患者的表现以腹胀，早饱，嗳气为主，症状多在进食后加重，过饱时会出现腹痛，恶心，甚至呕吐，动力学检查约50%～60%患者存在胃近端和远端收缩和舒张障碍。
2.反流样消化不良：突出的表现是胸骨后痛，烧心，反流，内镜检查未发现食管炎，但24hpH监测可发现部分患者有胃食管酸反流，对于无酸反流者出现此类症状，认为与食管对酸敏感性增加有关。
3.溃疡样消化不良：主要表现与十二指肠溃疡特点相同，夜间痛，饥饿痛，进食或服抗酸药能缓解，可伴有反酸，少数患者伴烧心，症状呈慢性周期性，内镜检查未发现溃疡和糜烂性炎症。
4.非特异型消化不良：消化不良表现不能归入上述类型者，常合并肠易激综合征。
但是，除了反流样消化不良，其他几种分类并无重要的临床意义，许多病人并不止归入一个亚型，而且这种分类与病理生理学紊乱和临床疗效无关，例如：动力障碍亚型的消化不良病人，胃轻瘫的发生率并不比其他亚型高，促动力药对他们的疗效也并不一定好于其他亚型病人，然而，反流亚型的消化不良病人胃食管反流的发生率，确实要高于其他亚型病人，且抗反流治疗效果更好。
