本病的发病机制目前还不明确。相关学者关于其发病机制有以下几种推论:
1.约有50%的患者或家族有支气管哮喘、过敏性鼻炎、皮肤湿疹或尊麻疹等病史;有些患者的发病是因进食易过敏的食物如牛奶、鸡蛋、羊肉、海鲜或某类药物如磺胺、消炎痛等诱发。因此多数学者认为EG是对内源性或外源性过敏原的I型变态反应疾病，变态反应的机制可能是胃肠道与外界过敏原接触后，在胃肠道产生抗原抗体反应，激活补体产生C3a,与嗜酸性粒细胞表面的受体C3结合。
2.国外学者Oyaizu等人指出该病与IgE诱导肥大细胞释放嗜酸性粒细胞趋化因子有关，
3.另有学者Mishra等认为嗜酸性粒细胞参与宿主的防御机制，在超敏反应的作用下，肥大细胞因脱颗粒，可以触发炎症的产生，进而释放炎症介质，如IL-5、IL-3,嗜酸性粒细胞趋化因子等，从而引起多数嗜酸性粒细胞激活，导致本病的发生。
4. HP感染:PapadopoulosAA等学者指出部分EG患者在幽门螺杆菌清除后症状得到缓解，因此嗜酸性粒细胞性胃肠炎与HP感染是否有关，尚且需要进一步证实。
