足菌肿依病原菌不同可分为两大类:放线菌性足菌肿(actiiconmycot)和真菌性足菌肿(eumycotic mycetoma)。前者放线菌类细菌引起，包括奴卡菌属、马杜拉放线菌属和链霉菌属的一些种：后者由真菌引起，涉及10多个属至少20余种菌，其中波氏霉样菌(Petriellidium boydii)除能引起皮肤和皮下组织的局部感染外，还可血行播散引起脑、脑膜，肺、骨和其他内脏的感染。尖端赛多孢菌也可引起足菌肿。放线菌由以色列放线菌、牛型放线菌、内氏放线菌、龋齿放线菌等引起。多属内源性感染。
近些年来，有报道一此皮肤癣菌如红色毛癣菌、疣状毛癣菌、铁锈色小袍子菌及帚霉等也可引起足菌肿。
