诊断
根据临床症状有化脓、肿胀和瘘管，排出的脓液中含有不同颜色的颗粒。日久瘢痕明显，诊断不难确定。在脓液或组织中查到颗粒并镜检其结构，或组织病理中发现颗粒，可做出诊断，菌培养可确定病原菌种，由于本病的一些病原菌亦可引起其他真菌病如暗色丝孢霉病或放线菌病等，故只有符合本病临床特点时才能诊断为足菌肿。
1.观察颗粒 标本取自瘘管深层引流的脓液，或刮取病灶内的组织以及活检材料，放在无菌平皿中观察其中的颗粒，为圆形或不规则形团块，病原菌不同其所形成颗粒大小，质地和颜色等方面也存在差异。
2.病原菌检查。
3.影像学检查 骨受累时X线可显示骨坏死，骨质疏松和小骨的融合，有局限性骨肥大和骨溶解，肺部感染时可表现为广泛的浸润性阴影。
4.组织病理
鉴别诊断
1.疣状皮肤结核：为疣状增生性斑块，境界清，组织病理显示真皮内结核样肉芽肿样结构。
2.孢子丝菌病：多为沿淋巴管排列成串的结节，或为单个斑块结节，真菌培养为孢子丝菌生长。
3.着色真菌病：无瘘管形成和带颗粒的脓液，真菌培养为暗色真菌生长。
此外还与有窦道形成的疾病相鉴别，如葡萄状菌病，恶性肿瘤如鳞状细胞癌，软骨肉瘤和卡波肉瘤，皮肤结核，象皮肿相鉴别。发现颗粒及其真菌学检查是鉴别的主要依据
